ד"ר מרדכי בר־און ממקד את מחקריו ההיסטוריים בקורות מדינת ישראל בשלושים שנותיה הראשונות. את שירותו הארוך בצה"ל - עשרים שנה - סיים בדרגת אלוף משנה בתפקיד קצין חינוך ראשי. בשנות השבעים היה ראש מחלקת הנוער והחלוץ של התנועה הציונית העולמית. בשנים 1986-1984 היה חבר כנסת מטעם תנועת ר"צ ומפעיליה המרכזיים של תנועת שלום עכשיו. בעשרים השנים האחרונות הוא מתמסר לעבודה אקדמית כעמית מחקר במכון לחקר ארץ ישראל ויישובה ביד יצחק בן–צבי.
ד"ר בר־און הוא מחברם של עשרות מאמרים ועשרה ספרים.
ספרו משה דיין, קורות חייו 1915 - 1981יצא בעם עובד ב־2014.